در سال ۱۳۹۵ پرونده سعید طوسی با محور اتهامات مرتبط با رفتارهای نامناسب نسبت به شماری از شاگردان نوجوان او مطرح شد و در همان مقطع، چند نفر از شاگردان سابق سعید طوسی ادعا کردند که در بازه زمانی ۲۰۱۰ تا ۲۰۱۶ میلادی، یعنی در بازه زمانی شش ساله، مورد سوءاستفاده قرار گرفته‌اند.
به گزارش بلاگ جعبه به نقل از ستاره؛ در پی طرح این ادعاها، موضوع در دستگاه قضائی ایران مفتوح شد و دادگاه بدوی پس از رسیدگی، طوسی را به چهار سال حبس محکوم کرد. گفتنی است رای صادره برای سعید طوسی در مرحله تجدید نظر دادگاه نقض شد و برای او حکم برائت صادر گردید.
