سعید طوسی، در سال ۱۳۹۵ (۲۰۱۶ میلادی) با اتهامات جدی در خصوص سوءاستفاده جنسی از شاگردان نوجوان خود مواجه شد. در آن زمان، چندین نفر از شاگردان وی ادعا کردند که بین سال‌های ۲۰۱۰ تا ۲۰۱۶ میلادی، مورد سوءاستفاده جنسی قرار گرفته‌اند.
به گزارش بلاگ جعبه به نقل از شرق؛ در پی این اتهامات، پرونده‌ای در دستگاه قضایی ایران تشکیل شد و در دادگاه بدوی، طوسی به چهار سال حبس محکوم گردید. اما در دادگاه تجدید نظر، حکم برائت صادر شد.
